Enamik pestitsiidide juhiseid annab soovituslikud kontsentratsioonid, mida saab järgida. Siiski on kõige parem kasutada fungitsiide, mis põhinevad kohalike taimekaitseasutuste soovitatud kontsentratsioonidel pärast tõhususe katseid. Fütotoksilisuse vältimiseks vähendage kontsentratsiooni kuivadel või kuumadel suvedel. Teiseks pöörake tähelepanu pealekandmise ajastusele ja sagedusele. Pritsimise ajastuse valdamine on otsustava tähtsusega, et mõista haiguse esinemist ja arengumustreid, prognoosida haigusi või valmistuda fungitsiididega töötlemiseks kohaliku taimekaitseosakonna prognooside põhjal. Tavaliselt pihustatakse fungitsiidiga haiguse varases staadiumis, näiteks riisiplahvatusel, eriti kuuma ilmaga, kui riisiplahvatus areneb kiiresti ja seda tuleks pihustada kohe. Maapähkli lehelaik areneb aeglasemalt; ärge pihustage sümptomite ilmnemisel ja kindlasti mitte varem. Pihustage alles pärast seda, kui sümptomid on loonud teatud arengutrendi. Pihustage kohe, kui kliimatingimused on haiguse kiireks arenguks soodsad; mõnikord on haiguse tõrjeks vaja piserdada isegi vähese vihmasaju ajal. Pestitsiidide kasutamise ajastus ei sõltu mitte ainult haiguse arengumustrist, vaid ka põllukultuuri kasvufaasist, kuna paljud haigused on seotud konkreetsete kasvufaasidega. Lisaks on fütotoksilisuse vältimiseks ülioluline arvestada igas kasvufaasis põllukultuuri taluvust fungitsiidide suhtes. Taimehaigused arenevad sageli aja jooksul välja ja fungitsiidide mitmekordsest kasutamisest piisab harva probleemi ühekordseks lahendamiseks. Kasutuskordade arv sõltub eelkõige patogeeni uuesti nakatumisest, fungitsiidi jääkmõjust ja kliimatingimustest, nagu valgus, temperatuur ja sademed. Seemnete desinfitseerimine: seemnete leotamiseks tuleks kasutada emulsioone ja lahuseid, mitte suspensioone, samuti ei tohi kasutada märguvaid pulbreid. Seemnete leotamise võti on pestitsiidilahuse kontsentratsioon ja leotamise aeg; vale kasutamine võib põhjustada halva steriliseerimise või fütotoksilisuse. Leotamisefekti mõjutavad ka muud tegurid, nagu temperatuur, seemne tüüp ja patogeeni asukoht. Üldiselt, kui seemne tüüp, temperatuur ja pestitsiidi tüüp on kindlaks määratud, saab pestitsiidi kontsentratsiooni ja leotamisaega kooskõlastada; kõrgem kontsentratsioon võimaldab pikemat leotamisaega. Kui patogeen asub sügaval seemne sees või seemne kest on kõva, saab leotamisaega vastavalt pikendada; kui temperatuur on kõrge, saab leotamisaega vastavalt lühendada. Nii seemned kui ka pestitsiidipulber peavad enne seemnete töötlemist olema kuivad; vastasel juhul toimub ebaühtlane töötlemine, mis põhjustab fütotoksilisust ja mõjutab idanemiskiirust. Kasutatava pestitsiidipulbri kogus on tavaliselt 0,2–0,5% seemne massist. Seemnete töötlemisel tuleks pestitsiid ja seemned lisada 3–4 partiina ning seejärel ühtlase segunemise tagamiseks anumat korralikult pöörata. Süsteemsete fungitsiidide tulekuga on välja kujunenud uus seemnete töötlemismeetod{25}}märgtöötlus. See hõlmab pestitsiidipulbri niisutamist väikese koguse veega ja seejärel seemnete töötlemist või kuiva pestitsiidipulbri segamist märgadele seemnetele, võimaldades pulbril seemne pinnale kleepuda. Pärast külvi pestitsiid lahustub aeglaselt ja imendub taime sisse ning transporditakse ülespoole. Pinnase kaudu levivate haiguste, nagu puuvillane ja kurgi närbumine, puhul võib lisaks seemnete leotamisele või töötlemisele tõrjeks kasutada ka mulla desinfitseerimist. Mulla desinfitseerimiseks tuleb kõigepealt valida sobiv fungitsiid vastavalt haiguse tüübile ja seejärel valida sobiv mullatöötlusmeetod, mis põhineb fungitsiidi füüsikalis-keemilistel omadustel ning mulla struktuuril ja omadustel. Kastmine sobib vees{32}}lahustuvate fungitsiidide jaoks. Pärast fungitsiidi sobiva kontsentratsiooni reguleerimist kantakse umbes 5-10 kg lahust pinnase ruutmeetri kohta. Kui muld on suhteliselt kuiv, võib kasutada väiksema kontsentratsiooniga lahust suurema kastmismahuga; kui muld on niiske, võib kasutada suuremat kontsentratsiooni väiksema mahuga. Kõrge aururõhuga fungitsiidide puhul võib pealekandmist teha põhja või vaod kündmisega. Pulber või lahus puistatakse ühtlaselt esimese adra vao põhja ja seejärel kaetakse teise adra poolt ümberpööratud mullaga. See meetod ei sobi liiga rasketele savimuldadele. Teise võimalusena võib pulbri või lahuse kanda mulla pinnale ja seejärel kohe ümber pöörata, et matta fungitsiid mulda.
